Sede del Museo è la secentesca Torre di Ligny, baluardo estremo della città di Trapani. Il Museo espone due sezioni: la sezione preistorica conserva reperti del territorio trapanese, la sezione archeologica - più ricca - espone oggetti rinvenuti nei fondali marini: anfore, ancore, suppellettili di epoca greca, romana e punica.
Troverete reperti prestigiosi come manufatti ed utensili appartenenti alla preistoria, elmi risalenti al periodo della I guerra Punica, ancore ed anfore di epoca punica-romana ed ancora zanne di elefanti nani e denti di ippopotamo.Il pezzo più significativo è un elmo a calotta, probabilmente dell'epoca della prima guerra punica (241 a.C.). Concluderete la visita con lo splendido panorama del Golfo di Trapani e del monte Erice visto dal terrazzo della Torre.