La struttura originaria risale ad anni immediatamente antecedenti il Duecento e fu completata nel 1233, in questo periodo la chiesa era conosciuta come Santa Maria la Nova e costituiva luogo di accoglienza per le penitenti agostiniane di Accon. Quando le monache si trasferirono, intorno alla fine del Quattrocento, la chiesa fu abbandonata e rimase inutilizzata fino al 1695 anno in cui Monsignor del Ryos ne sancì la riapertura al culto, conferendole il nome con cui oggi la conosciamo.