Questa raffinata pietanza, ormai sorta a simbolo di Ferrara, ha origine nel Rinascimento, alla corte del Duca Alfonso II d’Este. La prima testimonianza scritta che riporta la ricetta, risale al 1584, ad opera di Giovan Battista Rossetti, cuoco della corte estense.
La ricetta del passato era leggermente differente alla attuale. Dato che si prediligevano gusti agrodolci e speziati, nella farcitura era presente anche la cannella e lo zenzero mentre nella ricetta pervenuta a noi, l’unica spezia presente come retaggio del passato è la noce moscata.
Il nome “cappellaccio” probabilmente deriva dal dialetto ferrarese "caplaz" che sostanzialmente è il nome del tipico cappello di paglia utilizzato dai contadini. Nondimeno altre opinioni sostengono che la parola sia una sorta di dispregiativo o ancora che il nome sia nato dall’esigenza di doverli differenziare dai cappelletti emiliani che sono più piccoli e con una farcitura più ricca. Verso settembre, nel ferrarese si svolgono molte sagre che celebrano questa delizia gastronomica. Si ricorda in particolare la sagra di Portomaggiore molto famosa e simbolo di quanto i cappellacci di zucca siano il vero cuore pulsante e vivo della gastronomia ferrarese. Dal 2016 i cappellacci di zucca godono del marchio I.G.P.