Costruita fra il 1824 ed il 1848 nello stile turco delle moschee di Istanbul, la Moschea di Muhammad Ali è una delle più imponenti e spettacolari nella Cittadella. È detta anche "Moschea di Albastro" per il materiale utilizzato nel rivestimento. Il cortile porticato presenta al centro una fontana per le abluzioni e ha una piccola torre quadrata con orologio. L'interno delle moschea è spoglio di qualsiasi figurazione umana e divina a causa di un espresso divieto della religione musulmana. Questo ha portato gli artisti a sviluppare temi decorativi geometrici e varie forme di calligrafia arabescata per riportare sulle pareti i versetti del Corano. Queste scritture sono talmente elaborate che solo gli specialisti riescono a leggerle.