Si ritiene che il tempio, costruito nel I secolo a.C, fosse dedicato ad Ercole anche se prende il nome dal ritrovamento di una statua di donna. Dopo essere stata usata come carcere, abitazioni, botteghe, sede del consiglio cittadino, nel Medioevo il tempio viene trasformato in chiesa con il nome di Santa Maria sopra Minerva. Nel 1634 fu riadattata in forme barocche e dedicata a S. Filippo Neri.