La Basilica di imponenti dimensioni (è la settima in ordine di grandezza fra le chiese cristiane) in fondo poco si addice ai dettami di semplicità francescani, fu però necessaria per poter accogliere le masse dei pellegrini in visita alla Porziuncola, la Cappella di S. Maria degli Angeli, che S. Francesco ricevette in dono dai Benedettini del Subasio e che divenne il nucleo del primo convento, e alla Cappella del Transito, luogo nel quale S. Francesco morì il 4 ottobre 1226.