Nei primi decenni del XVIII secolo, il vescovado decise di demolire e poi ricostruire ex novo la cattedrale medioevale di Ravenna. L'edificio ospitava molti oggetti d'arte appartenenti alla precedente cattedrale paleocristiana, sorta quando la capitale dell'Impero romano era stata trasferita da Milano. I mosaici, le epigrafi, i capitelli e le lapidi furono asportati. L'arcivescovo Maffeo Nicolò Farsetti (1727-1741) decise di non ricollocarli nella nuova chiesa, ma di raccoglierli in un luogo apposito. Dopo alcuni anni di chiusura, il Museo è stato riaperto nel 2010 in seguito a una serie di interventi di carattere strutturale e impiantistico che ne hanno garantito un nuovo assetto espositivo.